Thomas er hjemvendt fra Bosnien. “Hjemkomst” strøer salt i et åbent sår i vores kollektive bevidsthed ved at afspejle hans sinds(s)tilstand; for der findes noget, der er langt værre end at dø, og det er ikke at turde leve! Der rejses ikke spørgsmål om ansvar. Formen er abstrakt fordi indholdet forlanger det. Hvis du holder at lyset for enden af tunnelen, så se en anden film men ellers: Velkommen i mørket!
På et krydstogtskib fyldt med ensomme mennesker arbejder Emmalou som tjener. Hun sørger over tabet af sin kæreste, som omkom i en ulykke et år tidligere. En udklædt lille dreng stiger en dag på skibet og forsøger at få kontakt med Emma-lou. Deres møde er med til at skubbe Emmalou i gang med et nyt kapitel i hendes liv.
Hver sommer kommer udenlandsdanskeren Jørgen sammen med sin kone hjem til Danmark. Her mødes de med Birgitte, Peter og deres søn Thomas, som har et sommerhus i nærheden. Jørgen og Thomas har noget tilfælles, og efter de andre er gået i seng, går de en tur på stranden, hvor Jørgen konfronterer Thomas og spørger, hvorfor han er så trist. Thomas vil have en hemmelighed til gengæld for sin egen. De afslører hver deres hemmelighed, og det får store konsekvenser for de efterfølgende somre og for deres indbyrdes forhold.
Emil, 23, er mors dreng. Hun kender alle hans hemmeligheder… bortset fra hans gemmested og de små sonater han skriver når han er alene. Den ambitiøse men ikke så disciplinerede Sophia, 20, optages på moderens klaverskole og sår splid med sin uventede interesse for Emil. Emil forstår ikke det intrigespil, han pludselig spiller hovedrollen i, men de nye følelser giver ham modet til at sige sin mor imod for første gang, og de kalder på en kærlighedserklæring: En sonate til Sophia, for det er hende, han er forelsket i. Men sonaten efterlader Sophia kold, og Emil søger trøst hos mor, som minder ham om at i visse miljøer tænker folk kun på sig selv – og de, der involverer sig med dem, ofte betaler prisen.For Emil handler det i midlertid ikke om, hvem der skal betale prisen for hans forliste følelser, men om hvordan hun skal straffes.
