Jo mere tid der går, jo sværere bliver det for Peter at fortælle sin kæreste, Sara, om den mørke hemmelighed han bærer rundt på. Men da Peter og Sara møder en mystisk mand i supermarkedet, begynder Peters fortid langsomt at komme frem i lyset. Peter bliver bliver tvunget til at træffe et valg: Skal man gemme sine spøgelser væk eller skal man åbne op og fortælle sandheden?
´Black Heart’ er en film om mentale efterveer. Den følger tre new yorkere, som hver især bestræber sig på at behandle et personligt tab. Den fjerde karakter er New York, som forsøger at komme sig efter 9/11-tragedien og det sår, som stadig eksisterer.