Kokken Magnus og hans kæreste, Thea, er til åbningsfest på Magnus’ nye restaurant. Men under festen tror Magnus, at Thea er sammen med en fremmed mand, og hans jalousi eksploderer. Han tager hende med hjem og låser hende inde i køkkenet, indtil hun siger undskyld.
Cecilie bliver lykkelig da Michael endelig vender hjem fra psykiatrisk hospital. Han fortæller at han er blevet rask. Det virker også sådan, men snart begynder små tegn at vise sig på det modsatte. Men Cecilie kæmper for at Michael skal forblive i deres verden og ikke forsvinde ind i sin egen.
Hvilke spor efterlader de mennesker, vi mister? Hvordan vi bærer dem og deres fortællinger med videre? Den Geniale Epoke viser en familie i sorg over en afdød far. Gennem to tidsrum føres vi ind i fraværets tilstedeværelse i et stille portræt om kærlighed og erindring.