´Black Heart’ er en film om mentale efterveer. Den følger tre new yorkere, som hver især bestræber sig på at behandle et personligt tab. Den fjerde karakter er New York, som forsøger at komme sig efter 9/11-tragedien og det sår, som stadig eksisterer.
Lau er syv år gammel og bor på et børnehjem, hvor han har boet siden hans far hængte sig selv en juleaften. Nu er det jul igen og Lau prøver stadig at forstå sin far og ikke mindst sig selv. Laus metode til forståelse er farlig og ugennemtænkt, men føles rigtig. Om natten når alle sover, går Lau op p børnehjemmets loft, hvor han gemmer alle minderne om sin far. En dag ankommer pigen Esta til børnehjemmet, og måske har hun det på samme måde.
Ea er for første gang forelsket, og endda i sin bedste ven Sune, som hun har introduceret til hendes rollespilsverden; en mytisk og magisk verden hvor overnaturlige væsner hersker. Men spillet tager en uventet drejning og Ea kan pludselig ikke skelne mellem spil og virkelighed.
På et krydstogtskib fyldt med ensomme mennesker arbejder Emmalou som tjener. Hun sørger over tabet af sin kæreste, som omkom i en ulykke et år tidligere. En udklædt lille dreng stiger en dag på skibet og forsøger at få kontakt med Emma-lou. Deres møde er med til at skubbe Emmalou i gang med et nyt kapitel i hendes liv.
